El 10 de febrero de 1960 se constituyó la Cofradía del santo Encuentro (predecesora de la Cofradía de La Flagelación de Jesús) en torno al paso de “El Santo Encuentro”. Este paso en aquellos años fue sacado en las procesiones de semana santa por un grupo de feligreses de la parroquia de Santa Teresita de Logroño.  El mencionado paso es propiedad del Excelentísimo ayuntamiento de Logroño y ha sido germen de la posterior fundación de otras Cofradías en la capital de La Rioja.

En aquellas fechas no existían Cofradías independientes en Logroño, llevando a cabo los actos de la semana santa la denominada “Hermandad de La Pasión y El santo Entierro”, de onda raigambre en esta ciudad. Dentro de la disciplina de la Hermandad, la Cofradía del santo Encuentro fue la primera en constituirse con estatutos propios, siendo impulsor y protector de la misma el párroco D. Andrés Calvo Marín. 

La feligresía empieza a formar la idea de crear una Cofradía y se plantean ciertas gestiones para que el ayuntamiento donase el paso a la parroquia. Estas negociaciones no llegaron a buen término debido a la negativa de la corporación municipal. Fue entonces cuando surge la idea de crear una nueva Cofradía que cuente con paso propio, idea defendida con el apoyo del entonces sacerdote y prior D. Andrés Calvo Marín, ya citado anteriormente.

El 14 de mayo de 1966 se constituye la actual Cofradía de la Flagelación de Jesús, se preparan los bocetos del hábito y se lanza la idea del nuevo paso. Para ello se pide la colaboración de la feligresía  y ésta responde a la llamada de su párroco, recolectando en las misas de ese domingo 87.156 pesetas, todo un logro en aquellos tiempos. 

El nuevo paso se le encarga al reconocido imaginero riojano D. Vicente Ochoa, por el que cobraría 130.000 pesetas. Las andas elaboradas por D. Ruperto Grijalba costaron 44.300 pesetas independientemente del paso. En 1968 se bendice el paso y sale por primera vez a la calle en el vía Crucis Procesional por los aledaños de la parroquia. 

En 1970 sale en procesión por primera vez en día de Martes santo la banda propia de la Cofradía y en 1976 se decide añadirle al hábito cucurucho, de esta forma quedaría el capuz alto ya que anteriormente lucía caído.

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En 1992 la Cofradía encarga y procesiona su estandarte actual, en 2001 se estrenan las medallas de la cofradía y en 2002 se estrena el nuevo estandarte de la banda propia.

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En 2009 se estrena la cruz in Memoriam que acompaña al paso de la Flagelación de Jesús en las procesiones de Martes y Viernes Santo, como homenaje a todos los hermanos fallecidos de la Cofradía en la parte posterior de la cruz se fijan unas placas individuales con el nombre y apellidos. En octubre de este mismo año coincidiendo con la procesión extraordinaria del 50 aniversario de la Cofradía del Santo Sepulcro de Logroño, se estrena el segundo estandarte de la Cofradía bordado en oro. 

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En 2016, coincidiendo con el 50 aniversario de la fundación de la cofradía se estrenaron nuevas andas para el conjunto procesional talladas por D. Gonzalo Merencio Álvarez. El sistema de carga también cambia, siendo actualmente la molía el usado en las procesiones de la cofradía.